Colitis a resolución molecular
Briefing de incorporación
2026-09-11
Treinta minutos, cinco actos
Briefing solo en español para quienes se incorporan. Los nombres de genes, enzimas y programas se quedan como en las publicaciones. Pulsa s para las notas con tiempos. Después de cada comprobación, di la respuesta antes de hacer clic.
La hora
- Problema clínico — 6 min
- Dos lenguajes moleculares — 8 min
- Este estudio — 5 min
- Laboratorio y software — 8 min
- Cómo empezar — 3 min
Pausa de 20 segundos: ¿quién es de laboratorio húmedo, quién es computacional, quién es ambas cosas?
Colombia, 2024: el panorama del cáncer
2 minActo 1 · Problema clínico
Estimaciones IARC, ambos sexos, todas las edades. Son cifras nacionales, no la muestra de este proyecto. Explican por qué existe un estudio colombiano de colitis y CCR.
La colitis ulcerativa es mucosa, crónica y no es Crohn
La colitis ulcerativa (CU) es inflamación crónica de la mucosa colónica. Sangre en heces, diarrea, urgencia y dolor abdominal son frecuentes. La extensión y la actividad varían.
Qué es
Inflamación mucosa continua que, en la enfermedad típica, empieza en el recto. Curso con recaídas.
Qué no es
No es Crohn. Este protocolo excluye Crohn, cirugía colónica previa y contraindicación de colonoscopia o biopsia.
Por qué aparece el umbral de ocho años
La vigilancia AGA/ECCO suele empezar ~8–10 años tras el inicio, o antes con colangitis esclerosante primaria. Es un umbral de vigilancia, no un reloj que dice que el cáncer llega en el año ocho.
La progresión es posible. No es el camino por defecto.
La mayoría de las personas con CU nunca entra en displasia ni en CCR asociado a colitis. La vigilancia colonoscópica sigue siendo el eje clínico. Este proyecto no la reemplaza. Pregunta si las moléculas de sangre y tejido añaden una segunda capa biológica.
La capa de investigación
cfDNA plasmático, metilación de tejido colónico y sIgA sérica pareados: se leen juntos, no como prueba diagnóstica.
Comprobación 1
La mayoría de las personas con colitis ulcerativa desarrollan cáncer colorrectal.
Falso. La CU extensa de larga duración eleva el riesgo. La mayoría nunca entra en displasia ni en CCR asociado a colitis. La vigilancia existe porque el cáncer es posible, no porque sea lo típico.
La metilación del ADN es una marca química, no una mutación
3 minActo 2 · Dos lenguajes moleculares
Un secuenciador lee C tenga o no un grupo metilo. La biología está en esa marca extra: 5-metilcitosina (5mC), casi siempre en un CpG (citosina y luego guanina en la misma hebra).
hipermetilación = más 5mC hipometilación = menos 5mC silenciado = 5mC del promotor + ARN bajo, medidos juntos
Los genes candidatos son hipótesis, no la enfermedad
También alrededor de la neoplasia en CU
CDKN2A / p16, CDH1 (E-cadherina), FOXE1 / SYNE1.
Cómo debe ponerlos a prueba este proyecto
Conservar conteos metilados y totales. Usar DSS. Exigir CpGs coherentes en una región. Comparar tejido con plasma pareado. Ajustar por inflamación y mezcla celular.
La IgA secretora es un anticuerpo de frontera mucosa
La sIgA une microbios y antígenos en superficies húmedas y limita el contacto epitelial sin convertir cada encuentro en inflamación.
Este estudio mide sIgA sérica por ELISA, calibración 1,250–0 µg/ml en la corrida presentada (\(R^2=0,959\)). Ese \(R^2\) es desarrollo del ensayo, no aceptación de placa. Blancos, recuperación, CV de réplicas, LLOQ/ULOQ y paralelismo siguen decidiendo si un número es usable.
El suero no es heces, no es moco, no es recubrimiento luminal. No reportes un valor sérico como secreción intestinal.
Las dos señales responden preguntas distintas
Metilación del ADN
Estado epigenético e identidad celular. cfDNA plasmático + tejido colónico. Lectura de CpG/región. Alta dimensión. Falla con lote, mezcla celular y origen tisular mixto.
sIgA sérica
Inmunidad humoral mucosa. Concentración por ELISA en suero. Un número interpretable. Falla con infección, fármacos, producción sistémica y aclaramiento.
La integración prueba si el patrón conjunto separa CU, CCR y grupos sanos mejor que cada marcador solo. Eso sigue siendo asociación, no una prueba diagnóstica.
Comprobación 2
Empareja la medición con el espécimen.
C. EM-seq es química de ADN, no un ensayo de anticuerpos. El ADN de tejido se fragmenta a propósito; solo los fragmentos nativos de plasma pueden sostener fragmentómica.
La pregunta que sostiene esta subvención
2 minActo 3 · Este estudio
¿Puede la metilación diferencial en cfDNA plasmático y tejido colónico, leída junto con sIgA sérica y marcadores de inflamación, ayudar a caracterizar la CU de alto riesgo frente a CCR y comparadores sanos?
PCI-2024-0016 código del proyecto
18 participantes previstos
36 especímenes de ADN pareados
3 grupos clínicos
Liderazgo operativo: Angie Alejandra Benavides Rojas. Asesora: Dra. Sandra Perdomo. Coasesora: Dra. María Consuelo Romero. Grupo: InMubo.
El pareo es dentro de una persona, no entre grupos
Elegibilidad de CU: CU confirmada >8 años o colangitis esclerosante primaria. Sedes: Cobos Medical Center, HIC Bucaramanga, GastroAdvanced.
Ética: Resolución 8430 de 1993; comité HIC Bucaramanga–Fundación Cardiovascular, Acta 005-2024. El git público permanece desidentificado. En este repositorio no hay datos clínicos ni genómicos a nivel de participante.
Qué puede afirmar este diseño — y qué no
Las señales varían juntas en estas 18 personas. Este diseño puede probarlo.
Un modelo separa grupos predefinidos en datos reservados: solo con rasgos fijos y remuestreo honesto.
Predice progresión futura. Requiere seguimiento longitudinal. No es este corte transversal.
Usar el modelo mejora la atención frente a la vigilancia por colonoscopia. Fuera de alcance.
Sangre, biopsia, enzimas, secuenciador, placa
3 minActo 4 · Herramientas
| Etapa | Instrumento | Pregunta de paso |
|---|---|---|
| cfDNA plasmático | PANAMAX 48 | ¿Rendimiento sin fallo sesgado por grupo? |
| ADNg de tejido | PANAMAX 48 → UltraShear | ¿Fragmentación documentada? |
| Librería de metiloma | NEBNext EM-seq | ¿Pasan los controles de conversión? |
| Secuenciación | NovaSeq 6000, paired-end | ¿Profundidad e identidad usables? |
| sIgA | ELISA en suero | ¿Réplicas dentro del rango? |
Por qué EM-seq y no bisulfito
El bisulfito convierte citosinas no modificadas pero daña el ADN. El cfDNA plasmático ya es escaso y corto. EM-seq usa TET2 + T4-BGT para proteger 5mC/5hmC y luego APOBEC para desaminar la C no modificada, que se secuencia como T.
El EM-seq estándar reporta 5mC y 5hmC juntos. Escribe «citosina modificada» a menos que un segundo ensayo los separe.
La fragmentómica es una segunda capa de la misma librería de plasma
De un BAM pareado de plasma puedes recuperar longitud, extremos, motivos de extremo y cobertura regional. Las histonas no se secuencian; el empaquetamiento se infiere.
Es una extensión de factibilidad. Muere si el plasma se fragmentó, no se retuvieron los tamaños de inserto, la profundidad es baja o el sesgo de conversión no está controlado.
Del FASTQ a una región que puedes nombrar
En un CpG los datos son lecturas metiladas \(M\) de lecturas informativas \(N\). 50% de 2 lecturas no es 50% de 100. DSS usa un modelo beta-binomial y luego une CpGs vecinos en DMR.
Límite de interpretación
El enriquecimiento KEGG/Reactome es una hipótesis estructurada. Registra la regla de mapeo, el universo de fondo, la versión de la base y el FDR.
Comprobación 3
Con 18 participantes, el producto cercano defendible es:
B. Los clasificadores de alta dimensión, el pronóstico y el uso clínico necesitan validación longitudinal independiente. Galleri no está validada para vigilancia de progresión de CU.
Tu primera semana en este repositorio
2 minActo 5 · Cómo empezar
El nombre de kernel project-python es obligatorio incluso para páginas solo de prosa.
No subas
Datos clínicos o genómicos a nivel de participante, identificadores, consentimientos, claves de enlace.
Contrato freeze
Tras cualquier edición a un documento R, vuelve a renderizar en local y sube _freeze/. CI no instala paquetes R.
Hoy, «listo» es una firma candidata, no una prueba
Lee, en este orden: diseño del estudio, EM-seq, sIgA, tres corrientes de datos, genes candidatos, estadística, contribuir.
Luego toma el cuestionario de 30 preguntas.
Frase de cierre: esta es una firma epigenética-inmune candidata con incertidumbre transparente — no una prueba diagnóstica.
